民國八十三年慈濟醫學院創校成立人文室，於人文室中設立「人文教育組」，負責全校通識教育相關業務，自民國八十六年八月起，為加強通識教育課程之實施，正式成立「通識教育中心」，業務掌理通識教育及其他通識相關事項。於86年1月18日本校第10次校務會議通過「通識教育中心」設置案，後於第11次校務會議決議將通識教育中心納入學校組織規程中。後因學校組織變革，於98年設立共同教育處後，通識教育中心於民國98年改隸共同教育處。

基本素養

1. 思辨與溝通
2. 團隊合作
3. 資訊素養
4. 利他與公民素養

教育目標

• 通識課程：培養具思辨分析、團隊合作及慈濟人文服務精神的博雅知能人才。
• 人文類科：思想的啟迪、心性的陶冶、文化氣質的培養、鑑賞評論能力的訓練。
• 社會類科：培養學生社會科學領域的基本知識，多元思考分析及反省能力，進而成為能關懷人群與社會的公民。
• 自然類科：培養學生學習自然科學領域知識、方法、精神。
• 美學與藝術類科：培養學生審美與創造力。